Tanto en Coruña del Conde como en sus localidades vecinas existían diversos asentamientos celtíberos, más concretamente arévacos (paraje de El Castro en Arauzo de Torre, Alto del Cuerno y Alto de Castro en Peñalba de Castro). Existen dudas sobre en cuál de estos dos últimos emplazamientos se situaba la ciudad prerromana de Clunia que Livio cita como refugio de Sertorio ante el sitio de Pompeyo en el año 75 a. C. Pompeyo la ocupa en el 72 a. C. Finalmente, en el año 56 a. C. la ciudad participa de la alianza entre arévacos y vacceos por la independencia frente a Roma. Metelo sitia la ciudad tras conquistar Numancia y un año más tarde, en el 55 a. C., Afranio, legado de Pompeyo, somete definitivamente a arévacos y vacceos y romaniza el área. Los romanos mantendrán el nombre de Clunia, del cual deriva el del municipio, y desarrollarán su ciudad en el Alto de Castro, junto a la actual Peñalba de Castro.
La ciudad romana, capital de conventus iuridicum y a la que el emperador Galba rebautizó como Colonia Clunia Sulpicia, tuvo gran importancia en la romanización del norte de España y un destacado papel en la Historia. Se calcula que su población llegó a ser de unos 32.000 habitantes (consúltese el artículo Clunia para más información sobre esta etapa).
Tras la etapa romana, el pueblo visigodo ocupa el municipio. Se tienen pocas referencias de esta época, pero han quedado en el área restos como una necrópolis en el vecino Hinojar del Rey y las trazas de la ermita del Santo Cristo de San Sebastián.
En el año 712 la invasión árabe llega hasta las tierras de Coruña del Conde. Las tropas de Tarik arrasan Clunia, suponiendo este el fin de la ciudad. Durante los años el municipio fue tierra de disputas entre árabes y cristianos. A mediados del siglo VIII el rey Alfonso I de Asturias reconquista los restos de la ciudad, liberando a sus pobladores del dominio musulmán. El mismo rey decide trasladarlos a las tierras cristianas del norte de España, dejando desierta el área para crear una tierra de nadie en la región del Duero entre sus dominios y los musulmanes.
El rey García I de León encomienda al Conde de Castilla Gonzalo Fernández de Burgos (padre de Fernán González) en el año 912 la repoblación del área del Duero, concretamente Haza, San Esteban de Gormaz y Clunia. Es en este momento cuando se funda la nueva fortaleza de Clunia, en un alto al sur de la ciudad primitiva, en el actual emplazamiento de Coruña del Conde. La razón del traslado es que desde este lugar se tenía un mejor control de la calzada que subía desde el Duero hacia el norte y de los dos puentes que cruzan el río Arandilla. Se constituye en ciudad de Castilla, cabeza del Alfoz de Clunia, el más extenso del condado, abarcando tierras desde el río Arlanza hasta el río Duero.
Al ser una de las puertas de Castilla y estar situada en la primera línea de defensa frente a los musulmanes, Coruña del Conde, aún conocida como Clunia, sufre varias acometidas de estos últimos. En el año 920 el califa omeya de Córdoba Abd al-Rahman III manda arrasar la ciudad, considerada de gran importancia para los cristianos por los cronistas árabes. Los musulmanes matan a sus pobladores, destruyen los cultivos y saquean las casas, donde toman un gran botín. Los cristianos reconstruyen la ciudad, pero en el año 994, durante el reinado de Bermudo II de León, el caudillo Almanzor conquista personalmente la ciudad y su fortaleza. Realiza obras en ella y la dota de una guarnición permanente. En la primavera del año 1002, Almanzor parte desde Coruña del Conde para realizar su última algarada triunfal contra los cristianos, que le llevará hasta San Millán de la Cogolla, en La Rioja. Le acompañan 33.000 jinetes, 20.000 soldados de a pie y 100 portadores de los famosos tambores, a los que se les da la orden de no cesar de tocarlos. A la vuelta de esta algarada, Almanzor es herido de muerte en un encontronazo con los cristianos en Calatañazor (véase batalla de Calatañazor).
Los cristianos vuelven a tomar la ciudad, ya de forma definitiva, en el año 1011, tras una sangrienta batalla en un paraje del municipio hoy conocido como La Matanza. La línea del Duero se asegura y queda establecida como frontera definitiva entre cristianos y musulmanes. En esta época el nombre de la ciudad comienza a corromperse, apareciendo en documentos como Cluña, Crunnia, Crunna, Cruña, Curuña y ya el actual Coruña. La ciudad continúa siendo cabeza jurisdiccional de varias aldeas y villas: Arandilla, Arauzo de Miel, Arauzo de Salce, Arauzo de Torre, Bahabón de Esgueva, Baños de Valdearados, Caleruega, Cilleruelo de Arriba, Guimara, Hontoria de Valdearados, Mercadillo, Oquillas, Peñaranda de Duero, Pinillos de Esgueva, Quintanilla, Rebeche, Santa María de Mercadillo, Torrecilla de Peñaranda, Valdeande y Villatuelda. La ciudad medieval está amurallada y cuenta con la judería más numerosa de la Ribera del Duero. En ella habitan también moriscos, por lo que goza de una intensa actividad mercantil y cuenta con un concurrido mercado. Rodrigo Díaz de Vivar, el Cid, transitará por el municipio en la ruta de su destierro en el año 1080 ó 1081. Los Caballeros del Santo Sepulcro se establecen en la villa en el año 1128 y se hacen cargo de la iglesia de San Andrés.
Coruña del Conde había sido villa realenga desde un principio. Sin embargo, el rey Alfonso XI de Castilla decide transformarla en señorío para donársela a Juan Martínez de Leyva como premio por su lealtad y sus servicios. Enrique II de Castilla la confiscará más tarde, retornándola a su condición de realenga. Finalmente, Enrique IV de Castilla la convierte en condado y la dona a la familia Mendoza en la persona de Lorenzo López de Mendoza y Suárez de Figueroa. Desde entonces, la villa de Coruña pasa a llamarse Coruña del Conde.
La ciudad es escenario de las convulsiones políticas de la época. En el año 1449 se forma en Castilla una liga nobiliaria que cuenta con los apoyos del rey Juan II de Aragón y del Príncipe de Asturias, el futuro Enrique IV de Castilla. Dicha liga se reúne en Coruña del Conde para conspirar contra el Condestable de Castilla, Álvaro de Luna.
La Inquisición juega un importante y negativo papel en el desarrollo de la población. Moriscos y hebreos son expulsados, y la persecución contra conversos es feroz. Muchos de ellos son apresados y juzgados, alguno incluso ejecutado en la plaza mayor de la localidad. Como testimonio de esta oscura etapa quedan en la localidad el rollo de justicia en la plaza y un lienzo en la iglesia de San Martín en el que se reflejan los nombres, oficios y delitos de seis condenados por la Inquisición a finales del siglo XV y comienzos del XVI, de los cuales cinco fueron reconciliados y uno (Maestre Juan, cirujano) condenado a la hoguera por hereje apóstata judaizante en 1490.
Durante el Renacimiento la importancia de Coruña del Conde va decreciendo paulatinamente y son pocas las noticias que va dejando en la Historia. Sin embargo, aún cabe citarla como lugar de origen en 1508 de Agustín Gormaz Velasco, importante figura en la historia de América Latina, y como cuna de la aviación tras la hazaña del pastor de la localidad Diego Marín Aguilera en el año 1793.
Villa encuadrada en la categoría de “pueblos solos” del partido de Aranda de Duero,2] jurisdicción de señorío ejercida por el Conde de Coruña quien nombraba su Alcalde Ordinario.
A la caída del Antiguo Régimen queda constituido como ayuntamiento constitucional del mismo nombre , en el partido de Aranda perteneciente a la región de Castilla la Vieja , contaba entonces con 209 habitantes.